【求助】请教高手：如何查找pri-miRNA的转录起始位点？

antisarcoma
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2010-03-06 12:52 消息 引用 收藏 分享 只看楼主
各位大侠，请教几个问题：
1. 能否通过成熟miR 在网上查到相关pri-miR的全长序列？
2. pri-miR的转录起始位点预测用什么软件？
3. 根据pri-miR的转录起始位点设计的引物做PCR是否可以反应某个miR的转录水平？
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吴佰霖
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2010-03-07 13:10 消息 引用 收藏 分享
其实miRNA基因的转录与蛋白编码基因的转录一样，看懂了后者就能做前者
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bigbang_0_0
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2010-03-09 12:11 消息 引用 收藏 分享
引物延伸实验测定转录起始位点。也可以在UCSC上找
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zmzpxsz
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2010-05-15 19:57 消息 引用 收藏 分享
顶下，希望有高手回答。我也很感兴趣。
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LBN
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2010-05-17 19:28 消息 引用 收藏 分享
这个可以在miRbase 数据库中，输入您的目标mir之后，会有一个view flanking sequence的链接，点击之后就可以看到上游的tss位点
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biophysics
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2010-05-26 16:16 消息 引用 收藏 分享
bigbang_0_0 wrote:
引物延伸实验测定转录起始位点。也可以在UCSC上找


UCSC上如何查呢？不是pri-miRNA的TSS只能预测吗？
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bigbang_0_0
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2010-05-27 14:22 消息 引用 收藏 分享
biophysics wrote:
UCSC上如何查呢？不是pri-miRNA的TSS只能预测吗？

UCSC genome browser，OK？
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biophysics
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2010-05-27 17:33 消息 引用 收藏 分享
bigbang_0_0 wrote:
UCSC genome browser，OK？


这个我当然知道，把TSS相关的track打开了，如果有host gene的当然可以查到，如果没有host gene的请问如何查，愿闻其详
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郭娟娟
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2010-05-28 10:36 消息 引用 收藏 分享
在Sanger miRBase中输入你miRNA的物种和名称就可以找到
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丹参猫
丹参猫
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2010-05-28 12:28 消息 引用 收藏 分享
首先要弄清楚 intronic intergenic的概念. 但是注意intronic未必就和host gene一样.
关于pri-miRNA的研究其实不多,如果你仅仅想检测pri-mRNA的表达,不需要从转录起始位置设计.只要在pre-miRNA序列之外,暂时可以认为是pri-miRNA了(当然也有例外比如mitron,还有未知道的特例).realtime-PCR 引物设计一般限制在200bp左右,那么这个范围可以代表pri-mRNA.ABI有现成的引物提供,也可以通过文献找,我印象中几篇paper提供了一堆引物序列.
如果要对剪切进行研究,那么建议看下韩国的Narry Kim的文章,会对你有帮助
TSS也仅仅是按照以往基因研究中的规则进行的预测.miRbase中有一部分预测结果已经注释出来.
因为转录剪切这个领域没有太多的人在做,所以很多规则只能先按照以往基因转录的原则来进行.
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biophysics
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2010-05-28 22:54 消息 引用 收藏 分享
丹参猫说的比较客观，目前已经有近400个左右的miRNA的TSS已经鉴定出来了，但对于现在940个人miRNA来说TSS还需要后期的更多实验来验证。推荐一篇经典的文章

A Mammalian microRNA Expression Atlas Based on Small RNA Library Sequencing

PS：mitron是什么？可以谈谈吗？
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丹参猫
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2010-05-29 10:01 消息 引用 收藏 分享
mitron是一类转录后不经过Drasha/DGCR8剪切直接出核的一类miRNA,简单的说转录出来就是pre-miRNA.这类比较少.没有太关注,举不出例子了.
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6o_o6
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2010-05-30 08:48 消息 引用 收藏 分享
1.可以查到 基因组上的5 3 flank序列，但是初级转录本 很多大部分miRNA都没研究透， 所以查不到。
2.很多启动子分析软件都行吧。具体实验确定估计得做race之类的，不知道是不是，同求教。
3.如果确定某miRNA表达水平，几乎所有的文献都是根据成熟体序列设计引物
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huangbaoyu0828
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2010-05-31 21:45 消息 引用 收藏 分享
学习了，谢谢啊
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maomao0_0
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2010-07-13 22:43 消息 引用 收藏 分享
学习了
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lwx920
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2011-09-02 00:54 消息 引用 收藏 分享
请教一下各位高手，现在我用高通量测序技术进行了miRNA的差异研究，发现了新miRNA,现在我想验证一下我的miRNA是否位于内含子和基因间区区域，如何运用UCSC软件进行查找呢？请赐教！
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吴佰霖
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2011-09-03 16:32 消息 引用 收藏 分享
lwx920 wrote:
请教一下各位高手，现在我用高通量测序技术进行了miRNA的差异研究，发现了新miRNA,现在我想验证一下我的miRNA是否位于内含子和基因间区区域，如何运用UCSC软件进行查找呢？请赐教！

在UCSC中用blat程序进行分析
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吴佰霖
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2011-09-03 16:34 消息 引用 收藏 分享
另外请问我想分析一批miRNA启动子序列的特点，有些miRNA是位于intergenic，有些miRNA有宿主基因，取这些miRNA的promoter序列有甚么注意事项吗，应该怎么取，谢谢
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吴佰霖
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2011-09-04 11:41 消息 引用 收藏 分享
认真学习了《A Mammalian microRNA Expression Atlas Based on Small RNA Library Sequencing》 根据作者提供附件中的miRNA 信息进行了一点分析，感觉transcript unit的信息不大靠谱，现在把图片贴出来，大家帮忙看看是不是我弄错了
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吴佰霖
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2011-09-04 11:42 消息 引用 收藏 分享
首先，miRBase中好像找不到view flanking sequence了
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吴佰霖
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2011-09-04 11:43 消息 引用 收藏 分享
该文献报道的miR-21信息
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吴佰霖
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2011-09-04 11:44 消息 引用 收藏 分享
根据该文献报道miR-21在UCSC进行定位，稍大了些
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吴佰霖
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2011-09-04 11:46 消息 引用 收藏 分享
根据该文献报道miR-21的转录本在UCSC进行定位，大得不靠谱了，与文献报道的miR-21上游几百bp转录因子，调控，有很大的差异
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sunguan
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2011-11-07 16:00 消息 引用 收藏 分享
studing
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